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Proyecto

El camino recomendado: crear la carpeta de un proyecto, llenar las tablas del contrato de insumos, revisarla y correrla de principio a fin (dl_nuevo_proyecto(), dl_revisar_proyecto() y dl_correr()). ?dl_tablas describe las tablas; dl_tabla() revisa una sola y dl_plantilla() da su plantilla. dl_calibrar_proxies() convierte un indicador de encuesta (proxies_crudos) en los proxies de una covariable, como lo hace dl_proyecto() al leer. dl_ejemplo() es un proyecto completo listo para correr.

dismodlite dismodlite-package: dismodlite: estimación de carga de enfermedad por edad, sexo y ubicación
dl_nuevo_proyecto(): Crear la carpeta de un proyecto nuevo
dl_revisar_proyecto(): Revisar la carpeta de un proyecto
dl_correr(): Correr un proyecto de principio a fin
dl_proyecto(): Proyecto de una causa
dl_tablas: El contrato de insumos
dl_tabla(): Una tabla del contrato de insumos
dl_plantilla(): Plantilla de una tabla del contrato
dl_calibrar_proxies(): Calibrar proxies subnacionales desde una encuesta
dl_ejemplo(): Datos de ejemplo del paquete

Configuración

La configuración de una causa y las rutas de sus archivos. dl_proyecto() las arma juntas; estas funciones sirven para cambiar claves con cambios y para los proyectos de la versión 0.2.2 (el formato completo).

dl_configuracion(): Configuración de una causa
dl_rutas(): Rutas de los archivos de entrada
dl_configuracion_ejemplo(): Configuración de ejemplo
dl_rutas_ejemplo(): Rutas de los datos de ejemplo

Insumos

Leer y validar los archivos de una causa y llevarlos a las tablas que usa el ajuste; guardarlos en disco para reproducir una corrida.

dl_insumos(): Insumos de una causa
dl_congelar_insumos(): Congelar los insumos en disco

Ajuste

El ajuste nacional por sexo con MCMC, anclado en la estimación de referencia, y sus estimaciones por edad y sexo.

dl_opciones_mcmc(): Opciones del muestreo MCMC
dl_ajustar(): Ajuste nacional por sexo
dl_ajustar_solo_prior(): Ajuste solo con el ancla (sin datos locales)
dl_estimaciones(): Estimaciones por edad, sexo y ubicación

Subnacional

Llevar el ajuste nacional a las ubicaciones subnacionales (departamentos, regiones, provincias…) con la cascada.

dl_cascada(): Estimación subnacional (cascada)
dl_repartir_razon(): Reparto subnacional por razón

Carga

Años vividos con discapacidad (AVD) a partir de la prevalencia, la severidad y los pesos de discapacidad.

dl_avd(): Años vividos con discapacidad (AVD)
dl_factor_comorbilidad(): Factor de comorbilidad por edad y sexo

Diagnóstico

Convergencia de las cadenas, validación contra el ancla, cuánto informan los datos cada celda y sensibilidad a los supuestos.

dl_rhat(): R-hat de varias cadenas
dl_ess(): Tamaño efectivo de muestra
dl_validar_ancla(): Validar el ajuste contra el ancla
dl_etiquetas(): Etiquetas de cuánto informan los datos cada celda
dl_sensibilidad(): Sensibilidad a lambda, rho y kappa

Corrida

Resumir una corrida y escribirla en disco con su manifiesto, volver a resumirla sin ajustar de nuevo y sumar las corridas de las causas hijas.

dl_resumir(): Resumen de una corrida
dl_exportar_corrida(): Exportar una corrida
dl_reresumir_corrida(): Volver a resumir una corrida exportada
dl_sumar_hijas(): Sumar las corridas de las causas hijas

Consolidado

Reunir las corridas vigentes de varias causas y años en tablas por medida, con un perfil de columnas.

dl_consolidar(): Consolidar corridas en tablas por medida
dl_consolidado_seleccionar(): Seleccionar las corridas vigentes del registro
dl_consolidado_canonico(): Tabla canónica de un consolidado
dl_consolidado_conteos(): Conteos de un consolidado
dl_perfil_cargar(): Leer un perfil de columnas
dl_perfil_proyectar(): Llevar la tabla canónica a la forma de un perfil

Avanzado

Las piezas del modelo por separado (la ecuación de la prevalencia, el muestreador MCMC y el prior de la mortalidad en exceso), el esquema interno de las tablas de insumos (el del formato completo) y sus validaciones, y la severidad desde una partición.

dl_edo(): Prevalencia por edad a partir de las tasas en los nudos
dl_edo_resolver(): Resolver la ecuación de la prevalencia sobre una malla
dl_mh(): Muestreador Metropolis-Hastings adaptativo por bloques
dl_mh_cadenas(): Varias cadenas de dl_mh()
dl_prior_emr(): Prior de la mortalidad en exceso por edad
dl_esquema(): Esquema de las tablas de insumos
dl_esquema_tabla(): Definición de una tabla del esquema
dl_validar_tabla(): Validar una tabla contra el esquema
dl_validar_estimaciones(): Validar las celdas de una corrida
dl_severidad_desde_particion(): Tabla de severidad desde una partición de severidad

Utilidades

dl_limpiar_cache(): Vaciar la caché de ajustes
dl_version(): Versión del paquete

Nombres anteriores

Los nombres de las funciones antes de la versión 1.0.0, todos en una página con la función nueva que corresponde a cada uno. Siguen funcionando con sus argumentos originales.

dl_config() dl_paths() dl_bundle() dl_bundle_freeze() dl_mcmc_opts() dl_fit() dl_fit_prior_only() dl_cascade() dl_validate_gbd() dl_validate() dl_validate_estimates() dl_schema() dl_schema_tabla() dl_yld() dl_como_factor() dl_emr_prior() dl_severidad_desde_split() dl_labels() dl_sensitivity() dl_summarize() dl_export() dl_resumir_run() dl_sum_hijas() dl_export_cdc() dl_export_seleccionar() dl_export_canonico() dl_export_conteos() dl_ode() dl_ode_solve() dl_cache_clear(): Nombres anteriores de las funciones