Tabla de severidad desde una partición de severidad

Arma la tabla severidad de una causa a partir de una corrida de partición de severidad: proporciones por estado de salud (de la propia causa, de una hija dentro de la partición del padre o de un componente formado por algunas secuelas) y pesos de discapacidad del catálogo de estados de salud. Recibe las rutas del formato completo. En un proyecto, la severidad es la tabla severidad (ver dl_tablas) o, si la configuración declara severidad.particion, sale de la partición con este mismo cálculo.

Usage

dl_severidad_desde_particion(
  corrida,
  causa,
  rutas = dl_rutas(),
  beta_covariable = NULL,
  padre = NULL,
  secuelas = NULL
)

Arguments

corrida

Carpeta de la corrida de partición de severidad.

causa

Identificador de la causa (cause_id).

rutas

Rutas de dl_rutas(); se usan los catálogos.

beta_covariable

Vector con nombres <health_state_id> = <covariate_name_short> para el canal de proporción de los AVD (opcional).

padre

Causa padre cuya partición reparte las secuelas de causa (opcional).

secuelas

Secuelas que forman el componente modelado (opcional; excluyente con padre).

Value

Tabla severidad del contrato dismod_lite/v1 (data.table), una fila por estado de salud: cause_id, health_state_id, proportion, prop_lower y prop_upper (la proporción de los casos en el estado y su intervalo), dw_mean, dw_lower y dw_upper (el peso de discapacidad y su intervalo), beta_covariable (la covariable del canal de proporción, o NA), location_id_fuente (la ubicación de la partición) y fuente. Atributos: renormalizacion (la suma de las proporciones antes de renormalizar) y, según el caso, cuota_hija (la fracción de la prevalencia del padre que es de la hija) o componente (sequela_ids, health_state_ids, y las fracciones de prevalencia y de AVD del componente, fraccion_prevalencia y fraccion_yld).

Details

Una partición de severidad es una corrida que reparte la prevalencia de una causa (ambos sexos, todas las edades, una ubicación) entre sus secuelas y sus estados de salud, con una proporción y su intervalo por fila. Tres casos:

• la causa misma: las proporciones de sus estados de salud, tal cual;

• una hija (padre): la partición del padre reparte su prevalencia entre las secuelas de todas sus hijas; la cuota de la hija es la suma de sus secuelas y cada estado recibe la suma de sus secuelas dividida por la cuota;

• un componente (secuelas): lo mismo sobre el subconjunto de secuelas que se modela como unidad.

Al final las proporciones se renormalizan para que sumen 1 (la partición viene redondeada); el divisor queda en el atributo renormalizacion. Los pesos de discapacidad (media e intervalo) salen del catálogo de estados de salud. Con la ruta particion_severidad de dl_rutas() y sin tabla de severidad, dl_insumos() la arma así.

See also

dl_avd() (que usa la tabla), dl_rutas() (particion_severidad).

Funciones avanzadas: dl_edo(), dl_edo_resolver(), dl_esquema(), dl_esquema_tabla(), dl_mh(), dl_mh_cadenas(), dl_prior_emr(), dl_validar_estimaciones(), dl_validar_tabla()

Examples

# la partición de severidad del ejemplo en el formato completo
completo <- system.file("extdata", "acs_peru_completo", package = "dismodlite")
corrida <- file.path(completo, "particion", "acs_v1")
rutas <- dl_rutas_ejemplo(9100, formato = "completo")
# la causa padre
dl_severidad_desde_particion(corrida, causa = 9100, rutas = rutas)
#>    cause_id health_state_id proportion prop_lower prop_upper dw_mean dw_lower
#>       <int>           <int>      <num>      <num>      <num>   <num>    <num>
#> 1:     9100             799  0.5277128  0.4485559  0.6068697    0.00    0.000
#> 2:     9100            9801  0.3222872  0.2739441  0.3706303    0.02    0.012
#> 3:     9100            9802  0.1500000  0.1275000  0.1725000    0.07    0.046
#>    dw_upper beta_covariable location_id_fuente fuente
#>       <num>          <char>             <char> <char>
#> 1:    0.000            <NA>                123    mod
#> 2:    0.031            <NA>                123    mod
#> 3:    0.102            <NA>                123    mod
# una hija, desde la partición del padre
hija <- dl_severidad_desde_particion(corrida, causa = 9101, rutas = rutas, padre = 9100)
hija[, c("health_state_id", "proportion", "dw_mean")]
#>    health_state_id proportion dw_mean
#>              <int>      <num>   <num>
#> 1:             799       0.50    0.00
#> 2:            9801       0.35    0.02
#> 3:            9802       0.15    0.07
attr(hija, "cuota_hija")
#> [1] 0.6773494