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Insumos de una causa

Source: R/insumos.R
dl_insumos.Rd

Lee todos los archivos de entrada de una causa (ancla, covariables y betas, población, datos locales, proxies, severidad), los lleva a las tablas del contrato dismod_lite/v1, valida cada tabla y calcula el hash que identifica los insumos. Es el primer paso de una corrida: su resultado lo usan dl_ajustar() y las demás etapas.

Usage

dl_insumos(configuracion, rutas = dl_rutas())

Arguments

configuracion

Configuración de dl_configuracion(), o un proyecto de dl_proyecto(): entonces rutas, si no se da, son las del proyecto.

rutas

Rutas de dl_rutas() (con los datos de ejemplo, dl_rutas_ejemplo()).

Value

Objeto de clase dl_bundle, una lista con:

  • las tablas del contrato dismod_lite/v1 (ver dl_esquema()), validadas: datos (los datos locales), prior_gbd (el ancla, por medida, sexo y banda de edad), betas (las betas de las covariables), crosswalks (vacía en esta versión), cov_valores (el valor nacional de cada covariable), cov_proxy (los valores subnacionales de las covariables), severidad (los estados de salud de la causa), poblacion y sequela_map (las secuelas de la causa y su rol, de sequela_rei.csv de la carpeta registro; vacía si no hay);

  • cfg: la configuración (dl_configuracion()), con el techo de la mortalidad en exceso ya resuelto en emr_prior$cota;

  • loc_ancla: el location_id de la ubicación nacional; meta: el nombre de la causa (cause_name) y de la ubicación (location_name) según el ancla y la ronda de GBD (round);

  • seleccion_betas (de dónde salió cada beta), techo_emr (el techo de la mortalidad en exceso, cota, y su origen: impreso en la configuración o derivado del ancla), fuentes_locales (con almacén de evidencia, las fuentes del país que ya informaron el ancla, nid_no_fatal, y el número de filas de causas de muerte, n_cod: la base de la regla del doble conteo), componente (el componente modelado, solo en el formato completo; NULL si no hay), bandas_pobl y bandas_catalogo (los límites de las bandas de edad de la población y del catálogo);

  • prior_emr_dado: solo con el prior de la mortalidad en exceso dado por tabla (mortalidad_exceso.prior: tabla), esa tabla (sex_id, age_start, age_end, mu_log, sd_log); entra en el hash.

  • hash: el sha256 que identifica los insumos (el de las tablas, hashes, combinado); los ajustes y las corridas lo registran;

  • rutas: las rutas con que se armaron (no entran en el hash); las etapas siguientes las usan cuando no se les pasan otras.

  • contrato: con un proyecto de las tablas del contrato, esas tablas tal como se leyeron ($tablas de dl_proyecto(); no entran en el hash).

  • calibracion_proxies: con un proyecto que trae proxies_crudos, su calibración (el resultado de dl_calibrar_proxies(), con sus atributos calibracion y series; no entra en el hash).

Details

Lo que falta se reporta donde hace falta: sin tabla de severidad, los insumos se arman igual y dl_avd() la pide; con datos locales en el ajuste y el ancla a peso completo, sin almacén de evidencia (evidencia de dl_rutas(); obligatoria si la configuración declara anchor.evidencia_ghdx), un aviso de doble conteo; si ninguna fila nacional de datos entra al ajuste, un mensaje lo dice en su lugar. Con almacén de evidencia (en un proyecto, la tabla fuentes_gbd) y el ancla a peso completo: si la evidencia trae fuentes locales no fatales de la causa y alguna medida entra al ajuste, un error pide bajar el peso del ancla; si ninguna entra, no hay doble conteo, los insumos se arman, un mensaje dice cuántas fuentes son y la corrida lo declara entre las limitaciones de su manifiesto. Con un proyecto (dl_insumos(dl_proyecto(...))), los mensajes citan sus claves y sus tablas (datos_en_ajuste, la tabla covariables, ...) en lugar de los del formato completo; si su traducción ya no está (cambió la configuración o una tabla y se volvió a traducir, o es de otra sesión), un error pide volver a llamar a dl_proyecto().

See also

dl_proyecto() (el argumento habitual), dl_ajustar() (el paso siguiente), dl_revisar_proyecto() (todos los problemas de un proyecto juntos) y dl_congelar_insumos() (las tablas en disco).

Insumos: dl_congelar_insumos()

Examples

# \donttest{
# un proyecto (con las tablas del contrato de insumos o en el formato completo)
b <- dl_insumos(dl_proyecto(dl_ejemplo(), causa = 9100))
#> dl_insumos(): 25 fila(s) nacionales de la tabla datos quedan fuera del ajuste porque datos_en_ajuste está vacío en la configuración; las filas subnacionales se usan solo para validar la cascada
b
#> <dl_bundle> insumos de la causa 9100 (Arteriopatía crónica sintética) | ancla en la ubicación 123 | hash 0e52c7277b9a
#>   datos          160 filas  datos locales (para el ajuste o la validación)
#>   prior_gbd       48 filas  ancla, por medida, sexo y banda de edad
#>   betas            3 filas  betas de las covariables
#>   cov_valores      8 filas  valores nacionales de las covariables
#>   cov_proxy      500 filas  valores subnacionales de las covariables (proxies)
#>   severidad        3 filas  estados de salud de la causa
#>   poblacion      728 filas  población por ubicación, sexo y edad
#>   sequela_map      0 filas  secuelas de la causa (formato completo)
# o la configuración y las rutas por separado
b <- dl_insumos(dl_configuracion_ejemplo(9100), dl_rutas_ejemplo(9100, datos = FALSE))
# }