El contrato de insumos

Las tablas que dismodlite necesita para estimar una causa. Todas comparten un eje: causa, ubicacion, anio, sexo, edad_inicio y edad_fin. Una columna del eje que no viene significa que la tabla no varía en esa dimensión: sin causa, vale para todas las causas; sin ubicacion, es la nacional; sin anio, todos los años; sin sexo, ambos sexos; sin las edades, todas las edades. Las unidades son fijas: la prevalencia y las proporciones en proporción (0 a 1), la incidencia, la mortalidad y los AVD por persona-año, la población en personas. Las bandas de edad son [edad_inicio, edad_fin) en años enteros; edad_fin vacío es la banda abierta.

Details

Cada tabla es un CSV (o una carpeta de CSV) de la carpeta del proyecto con su nombre, o un data.frame que se pasa a dl_proyecto(). Las descargas de GBD Results y del GHDx se reconocen por sus columnas y se convierten solas.

El ancla puede traer filas de ambos sexos, pero el modelo no las usa: si son más finas que la población y poblacion_detalle no trae ambos, se dejan fuera en vez de pedir ese detalle (el de hombres y mujeres sí hace falta); con detalle de ambos, se agrupan como las de cada sexo.

Tabla ubicaciones

columna	tipo	exige	qué es
ubicacion	texto	sí	Código de la ubicación, el que use el proyecto
nombre	texto	no	Nombre de la ubicación en las salidas
padre	texto	no	Ubicación que la contiene: vacío en la nacional, la nacional en las subnacionales

Tabla poblacion

columna	tipo	exige	qué es
ubicacion	texto	sí	Ubicación
anio	entero	sí	Año
sexo	texto	sí	hombres, mujeres o ambos
edad_inicio	número	sí	Primera edad de la banda (años)
edad_fin	número	sí	Fin de la banda (excluido); vacío en la banda abierta (años)
poblacion	número	sí	Población (personas)

Tabla ancla

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa
anio	entero	sí	Año
sexo	texto	sí	hombres, mujeres o ambos (el modelo no usa las filas de ambos sexos: no hacen falta)
edad_inicio	número	sí	Primera edad de la banda (años)
edad_fin	número	sí	Fin de la banda (excluido); vacío en la banda abierta (años)
medida	texto	sí	Qué mide la fila
valor	número	sí	Estimación (proporción (prevalencia) o por persona-año)
inferior	número	sí	Límite inferior del intervalo del 95 % (igual que valor)
superior	número	sí	Límite superior del intervalo del 95 % (igual que valor)
nombre_causa	texto	no	Nombre de la causa (lo llena el lector de GBD)

Tabla covariables

columna	tipo	exige	qué es
ubicacion	texto	no	Ubicación; sin la columna, la nacional
anio	entero	no	Año; sin la columna, todos
sexo	texto	no	Sexo; sin la columna, ambos
edad_inicio	número	no	Primera edad; sin las columnas de edad, todas las edades (años)
edad_fin	número	no	Fin de la banda (excluido) (años)
covariable	texto	sí	Nombre de la covariable
valor	número	sí	Valor de la covariable
error_estandar	número	no	Error estándar del valor
inferior	número	no	Límite inferior del intervalo del 95 %
superior	número	no	Límite superior del intervalo del 95 %
fuente	texto	no	De dónde sale el valor (el proxy, en las subnacionales)
covariable_id	entero	no	Id de GBD de la covariable (lo llena el lector del GHDx)

Tabla betas

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa; sin la columna, todas
covariable	texto	sí	Covariable, como en la tabla covariables
efecto_sobre	texto	sí	Parámetro sobre el que actúa
transformacion	texto	sí	Transformación de la covariable en la regresión publicada
escala	número	no	Multiplica la diferencia de la covariable (solo con lineal); 1 por defecto
beta	número	sí	Coeficiente publicado
inferior	número	no	Límite inferior del 95 % (vacío: beta fija)
superior	número	no	Límite superior del 95 % (vacío: beta fija)
valor_nacional_de	texto	no	Otra covariable cuyo valor nacional ancla a esta (con valores subnacionales de esta, su fila nacional propia no hace falta)
escala_confirmada	lógico	no	true confirma una beta lineal grande con escala 1
fuente	texto	no	De dónde sale la beta

Tabla datos

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa; sin la columna, la del proyecto
ubicacion	texto	sí	Ubicación
anio	entero	no	Año (o anio_inicio y anio_fin)
anio_inicio	entero	no	Primer año del dato
anio_fin	entero	no	Último año del dato (no antes de anio_inicio)
sexo	texto	sí	hombres, mujeres o ambos
edad_inicio	número	sí	Primera edad (años)
edad_fin	número	sí	Fin de la banda (excluido) (años)
medida	texto	sí	Qué mide el dato
valor	número	no	Valor (proporción o por persona-año)
error_estandar	número	no	Error estándar (igual que valor)
casos	número	no	Casos (con muestra, en vez de valor y error)
muestra	número	no	Muestra (personas o personas-año)
muestra_efectiva	número	no	Muestra efectiva
excluir	lógico	no	true deja el dato fuera
motivo	texto	no	Por qué se excluye
fuente	texto	no	Fuente del dato
definicion	texto	no	Definición de caso

Tabla severidad

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa; sin la columna, todas
sexo	texto	no	Sexo; sin la columna, ambos
edad_inicio	número	no	Primera edad; sin las columnas de edad, todas (años)
edad_fin	número	no	Fin de la banda (excluido) (años)
estado	texto	sí	Estado de salud: nombre o id de GBD, o uno propio
id_estado	entero	no	Id del estado
proporcion	número	sí	Proporción de los casos en el estado (proporción)
inferior	número	sí	Límite inferior del 95 % (proporción)
superior	número	sí	Límite superior del 95 % (proporción)
peso_discapacidad	número	no	Peso de discapacidad (vacío: el de GBD); con sus dos límites o ninguno
peso_inferior	número	no	Límite inferior del peso
peso_superior	número	no	Límite superior del peso

Tabla fuentes_gbd

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa
ubicacion	texto	no	Ubicación
componente	texto	sí	Componente de GBD que usó la fuente
nid	entero	sí	Id de la fuente en el GHDx

Tabla poblacion_detalle

columna	tipo	exige	qué es
anio	entero	sí	Año
sexo	texto	sí	hombres, mujeres o ambos (ambos solo si se quieren agrupar las filas de ambos sexos del ancla)
edad_inicio	número	sí	Primera edad de la banda (años)
edad_fin	número	sí	Fin de la banda (excluido) (años)
poblacion	número	sí	Población nacional con más detalle de edad (personas)

Tabla proxies_crudos

columna	tipo	exige	qué es
ubicacion	texto	sí	Ubicación subnacional
anio	entero	sí	Año de la edición de la encuesta
sexo	texto	no	Sexo; sin la columna, ambos
edad_inicio	número	no	Primera edad; sin las columnas de edad (o con las edades vacías), todas las edades de la población (años)
edad_fin	número	no	Fin de la banda (excluido) (años)
covariable	texto	sí	Covariable de GBD que representa (como en betas)
indicador	texto	no	Nombre del indicador crudo; pasa a la fuente de las filas calibradas
valor	número	sí	Estimación de la encuesta
error_estandar	número	sí	Error estándar de la estimación (mayor que 0)
fuente	texto	no	Procedencia

Tabla razones

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa; sin la columna, todas
ubicacion	texto	sí	Ubicación subnacional
anio	entero	sí	Año que se estima
razon	número	sí	Razón entre la tasa de la ubicación y la nacional (0: la ubicación queda sin casos)
error_log	número	sí	Error estándar del logaritmo de la razón (0: la razón no se sortea)
fuente	texto	no	De dónde sale la razón

Tabla prior_mortalidad_exceso

columna	tipo	exige	qué es
causa	entero	no	Causa; sin la columna, todas
anio	entero	no	Año que se estima; sin la columna, todos
sexo	texto	no	hombres, mujeres o ambos (ambos, o sin la columna: el mismo prior en los dos sexos)
edad_inicio	número	sí	Primera edad del tramo (años)
edad_fin	número	sí	Fin del tramo (excluido) (años)
mu_log	número	sí	Centro del prior de log f en los nudos del tramo: el de la Normal antes de truncarla bajo el techo, que no puede superar (logaritmo de la tasa por persona-año)
sd_log	número	sí	Desviación estándar de esa Normal, mayor que 0 (una muy pequeña deja la mortalidad en exceso fija en el centro)
fuente	texto	no	De dónde sale el prior

See also

dl_tabla(), dl_plantilla(), dl_proyecto().

Funciones del proyecto: dl_calibrar_proxies(), dl_correr(), dl_ejemplo(), dl_nuevo_proyecto(), dl_plantilla(), dl_proyecto(), dl_revisar_proyecto(), dl_tabla()