Nombres anteriores de las funciones

Desde la versión 1.0.0 las funciones tienen nombres y argumentos en español. Los nombres anteriores siguen funcionando, con sus argumentos originales, para que los scripts existentes no cambien: cada uno llama a la función nueva y devuelve el mismo resultado.

Usage

dl_config(cause_id, config_dir = NULL, overrides = NULL)

dl_paths(overrides = list())

dl_bundle(cfg, paths = dl_paths())

dl_bundle_freeze(b, dir)

dl_mcmc_opts(
  draws = 1000L,
  chains = 4L,
  iter = 50000L,
  warmup = 10000L,
  thin = 10L,
  cores = 1L,
  engine = c("mh", "rcpp")
)

dl_fit(b, opts = dl_mcmc_opts(), seed, cache = TRUE)

dl_fit_prior_only(b, opts = dl_mcmc_opts(), seed, fit = NULL, cache = TRUE)

dl_cascade(f, b, kappa = b$cfg$cascada$kappa, seed, engine = f$params$engine)

dl_validate_gbd(f, b, paths = b$rutas, cascade = NULL)

dl_validate(dt, tabla, sch = dl_schema(), ctx = list())

dl_validate_estimates(dt, paths = dl_paths(), entity = "cause")

dl_schema(path = NULL)

dl_schema_tabla(sch, nombre)

dl_yld(f, b, como = NULL, seed)

dl_como_factor(b, paths = b$rutas)

dl_emr_prior(b)

dl_severidad_desde_split(
  dir_run,
  cause_id,
  paths = dl_paths(),
  beta_covariable = NULL,
  padre = NULL,
  sequela_ids = NULL
)

dl_labels(
  f,
  f0,
  b,
  rho_grid = as.numeric(unlist(b$cfg$sensibilidad$rho)),
  seed,
  opts = NULL,
  cascade = NULL
)

dl_sensitivity(
  b,
  grid = b$cfg$sensibilidad,
  seed,
  opts = dl_mcmc_opts(draws = 200L, chains = 2L, iter = 6000L, warmup = 3000L),
  workers = 1L
)

dl_summarize(piezas, ui_level = 0.95, paths = NULL)

dl_export(
  piezas,
  run_slug,
  out_root = Sys.getenv("DATA_ROOT"),
  labels,
  validacion = NULL,
  sensibilidad = NULL,
  keep_draws = TRUE,
  register = !is.null(registry_path),
  force = FALSE,
  ess_min = 400,
  registry_path = NULL,
  paths = NULL
)

dl_resumir_run(
  dir_run,
  out_root = Sys.getenv("DATA_ROOT"),
  ui_level = 0.95,
  register = !is.null(registry_path),
  registry_path = NULL,
  paths = dl_paths()
)

dl_sum_hijas(
  runs_hijas,
  cause_id,
  run_slug,
  out_root = Sys.getenv("DATA_ROOT"),
  cause_name = NULL,
  ui_level = 0.95,
  register = !is.null(registry_path),
  registry_path = NULL,
  paths = dl_paths(),
  omitidas = NULL
)

dl_export_cdc(
  registry_path,
  out_root,
  perfil_path,
  master_path,
  paths = dl_paths(),
  causas = NULL,
  years = NULL,
  permitir_huecos = FALSE,
  register = !is.null(registry_out),
  run_slug = "consolidado",
  registry_out = NULL,
  runs_root = out_root,
  nombres_nivel4_path = file.path(dirname(master_path), "causas_nivel4_es.csv")
)

dl_export_seleccionar(
  registry_path,
  runs_root,
  causas = NULL,
  years = NULL,
  permitir_huecos = FALSE,
  paths = dl_paths()
)

dl_export_canonico(sel, run_id_export)

dl_export_conteos(celdas, sel)

dl_ode(
  theta_logi,
  theta_logf,
  nudos,
  edad_inicio,
  edad_fin = 99,
  r = 0,
  p0 = 0,
  nsub = 5L
)

dl_ode_solve(i_half, f_half, r = 0, p0 = 0, nsub = 5L)

dl_cache_clear()

Arguments

cause_id, config_dir, overrides: Causa, carpeta de configuraciones y cambios (causa, carpeta_config, cambios). En dl_paths(), overrides son los cambios de rutas (cambios de dl_rutas()).
cfg: Configuración (configuracion).
paths: Rutas (rutas). En dl_validate_gbd(), dl_como_factor(), dl_summarize() y dl_export(), por defecto las de los insumos.
b: Insumos (insumos).
dir: Carpeta de destino (carpeta de dl_congelar_insumos()).
draws, chains, iter, warmup, thin, cores, engine: Opciones MCMC: simulaciones, cadenas, iteraciones, calentamiento, adelgazamiento, nucleos y motor.
opts: Opciones MCMC (opciones).
seed: Semilla (semilla).
cache: Usar la caché de ajustes (cache).
fit: Ajuste (ajuste de dl_ajustar_solo_prior()).
f: Ajuste o cascada (ajuste).
kappa: Fracción del gradiente subnacional (kappa).
cascade: Cascada (cascada).
dt: Tabla a validar (datos).
tabla: Nombre de la tabla del esquema (tabla).
sch: Esquema (esquema).
ctx: Contexto de las reglas (contexto).
entity: Entidad del contrato (entidad).
path: Archivo del esquema (archivo).
nombre: Nombre de la tabla del esquema (nombre).
como: Factor de comorbilidad (comorbilidad).
dir_run: Carpeta de una corrida (corrida).
beta_covariable, padre: Canal de proporción y causa padre de la partición de severidad (mismos nombres).
sequela_ids: Secuelas del componente (secuelas).
f0: Ajuste solo con el ancla (ajuste_prior).
rho_grid: Grilla de rho de las etiquetas (grilla_rho).
grid: Grilla de sensibilidad (grilla).
workers: Procesos de la sensibilidad (procesos).
piezas: Piezas de la corrida (piezas).
ui_level: Nivel del intervalo (nivel).
run_slug: Nombre corto de la corrida o del consolidado (nombre).
out_root: Carpeta raíz de las corridas (carpeta).
labels: Etiquetas (etiquetas).
validacion, sensibilidad: Validación y sensibilidad de la corrida (mismos nombres).
keep_draws: Guardar las simulaciones (guardar_simulaciones).
register: Agregar al registro de corridas (registrar).
force: Exportar aunque falle la convergencia (forzar).
ess_min: Tamaño efectivo de muestra mínimo (ess_minimo).
registry_path: Archivo del registro de corridas (registro).
runs_hijas: Corridas de las hijas (corridas_hijas).
cause_name: Nombre de la causa padre (nombre_causa).
omitidas: Hijas omitidas de la suma (omitidas).
perfil_path: Perfil de columnas (perfil).
master_path: Archivo master_gbd.csv (maestro).
causas, years, permitir_huecos: Causas, años y huecos del consolidado (causas, anios, permitir_huecos).
registry_out: Registro donde se anota el consolidado (registro_salida).
runs_root: Carpeta raíz donde están las corridas (carpeta_corridas).
nombres_nivel4_path: Nombres de las causas de nivel 4 (nombres_nivel4).
sel: Selección de corridas (seleccion).
run_id_export: Identificador del consolidado (id_consolidado).
celdas: Tabla canónica (celdas).
theta_logi, theta_logf: Logaritmo de la incidencia y de la mortalidad en exceso en los nudos (log_i_nudos, log_f_nudos).
nudos, edad_inicio, edad_fin, p0, nsub: Nudos, edades, prevalencia inicial y subpasos (mismos nombres).
r: Remisión (remision).
i_half, f_half: Incidencia y mortalidad en exceso en la malla de paso h/2 (i_media, f_media).

Value

Lo mismo que la función nueva.

Details

Nombre anterior	Función nueva
`dl_config()`	`dl_configuracion()`
`dl_paths()`	`dl_rutas()`
`dl_bundle()`	`dl_insumos()`
`dl_bundle_freeze()`	`dl_congelar_insumos()`
`dl_mcmc_opts()`	`dl_opciones_mcmc()`
`dl_fit()`	`dl_ajustar()`
`dl_fit_prior_only()`	`dl_ajustar_solo_prior()`
`dl_cascade()`	`dl_cascada()`
`dl_validate_gbd()`	`dl_validar_ancla()`
`dl_validate()`	`dl_validar_tabla()`
`dl_validate_estimates()`	`dl_validar_estimaciones()`
`dl_schema()`	`dl_esquema()`
`dl_schema_tabla()`	`dl_esquema_tabla()`
`dl_yld()`	`dl_avd()`
`dl_como_factor()`	`dl_factor_comorbilidad()`
`dl_emr_prior()`	`dl_prior_emr()`
`dl_severidad_desde_split()`	`dl_severidad_desde_particion()`
`dl_labels()`	`dl_etiquetas()`
`dl_sensitivity()`	`dl_sensibilidad()`
`dl_summarize()`	`dl_resumir()`
`dl_export()`	`dl_exportar_corrida()`
`dl_resumir_run()`	`dl_reresumir_corrida()`
`dl_sum_hijas()`	`dl_sumar_hijas()`
`dl_export_cdc()`	`dl_consolidar()`
`dl_export_seleccionar()`	`dl_consolidado_seleccionar()`
`dl_export_canonico()`	`dl_consolidado_canonico()`
`dl_export_conteos()`	`dl_consolidado_conteos()`
`dl_ode()`	`dl_edo()`
`dl_ode_solve()`	`dl_edo_resolver()`
`dl_cache_clear()`	`dl_limpiar_cache()`

Los argumentos de cada nombre anterior corresponden a los de la función nueva así: b → insumos, f → ajuste, f0 → ajuste_prior, cfg → configuracion, paths → rutas, opts → opciones, seed → semilla, draws → simulaciones, chains → cadenas, iter → iteraciones, warmup → calentamiento, thin → adelgazamiento, cores → nucleos, engine → motor, workers → procesos, cause_id → causa, config_dir → carpeta_config, overrides → cambios, out_root → carpeta, run_slug → nombre, keep_draws → guardar_simulaciones, register → registrar, registry_path → registro, force → forzar, dir_run → corrida, runs_hijas → corridas_hijas, ui_level → nivel, grid → grilla, labels → etiquetas, perfil_path → perfil, master_path → maestro, sch → esquema. Un nombre anterior no acepta los argumentos nuevos ni al revés: dl_fit(b, semilla = 1) y dl_ajustar(b, seed = 1) dan el error «unused argument». Los mensajes nombran la función que se llamó (dl_fit(): ...), citan los argumentos con su nombre nuevo (semilla, rutas), el de la tabla de arriba, y terminan con una línea que lo recuerda y remite a esta página.

Diferencias con la versión 0.2.2:

Una corrida se agrega al registro de corridas solo si se da el registro (registry_path, o registry_out en dl_export_cdc()), y ese archivo debe existir; antes se registraba siempre que existiera un registro por defecto. El nombre por defecto de un consolidado es "consolidado".
dl_validate_gbd(), dl_como_factor(), dl_summarize() y dl_export() sin paths usan las rutas de los insumos, como sus funciones nuevas (antes, dl_paths()). Con insumos armados con dl_bundle(cfg), sin paths, son las mismas rutas.
dl_export_cdc() escribe el consolidado en mod/consolidado/<id>/, con las tablas del perfil en tablas/ y la tabla canónica en canonico/ (el contenido de las tablas no cambia; la carpeta y la subcarpeta de las tablas tenían otros nombres). Los perfiles incluidos están en system.file("perfiles", package = "dismodlite").
dl_paths(): una clave desconocida en overrides o una lista sin nombres es un error (antes se guardaba o se ignoraba en silencio); una clave repetida sigue valiendo la primera vez que aparece.

Examples

# el nombre anterior y el nuevo dan el mismo resultado
anterior <- dl_mcmc_opts(draws = 100, chains = 2, iter = 2000, warmup = 1000)
nueva <- dl_opciones_mcmc(simulaciones = 100, cadenas = 2, iteraciones = 2000, calentamiento = 1000)
identical(anterior, nueva)
#> [1] TRUE
identical(dl_schema(), dl_esquema())
#> [1] TRUE
# un nombre anterior no acepta los argumentos nuevos
try(dl_mcmc_opts(simulaciones = 100))
#> Error in dl_mcmc_opts(simulaciones = 100) : 
#>   unused argument (simulaciones = 100)

Usage

Arguments

Value

Details

See also

Examples